神州大地上，从神话时代流传下来十种上古神器——钟、、斧、壶、塔、琴、鼎、印、镜、石。它们各自有着迥然不同的绝世力量。只要稍加利用即可纵横四海，无敌天下。但它们的下落，已湮灭于神州漫长之乱世历史中。
故事发生在隋朝年间。北朝隋文帝，在消灭了南朝陈国后，结束了中国长期之分裂南北朝时期。陈国遗民不甘国家就此灭亡，于公六○一年，集结了大队兵马，起兵造反，意图复国。隋文帝随即下令平定叛乱，然而让陈国反抗军惊异不已的是：隋朝的平乱部队是由不到二十人组成的，为首的竟然是一位年仅十岁的少年！这位身披斗篷的神秘少年，以一把神秘的“黄金之”，顷刻之间就将数万陈国反抗军马消灭殆尽。神秘少年以天下无敌之黄金（轩辕）立下威名，自此令所有人闻之色变，再也没人敢起兵反叛朝廷。
多年以后，陈靖仇奉师父之命，踏上寻找传说中五样上古神器旅途。陈靖仇是陈国后裔，在襁褓时代隋朝四处搜捕陈国遗族时，他的师父陈辅牺牲了自己的孙儿，冒险将陈靖仇替代救出。陈辅将自己复国的愿望，全落在幼小的陈靖仇身上。由于多年前历经那场惊心动魄的战争，师父深知自己绝对无法胜过手持轩辕的神秘少年，所以决心改换方尸开始四处寻找传说中能让人获得天下之的五样上古神器──伏羲琴、神农鼎、崆峒印、昆仑镜、女娲石，打算收齐它们，以它们的力量来复兴故国，《天之痕》的故事就此开始。
《轩辕之天之痕（上）》故事梗概：
隋仁寿年间，南陈遗臣陈辅拥立宗室陈叔岳，起兵复兴陈朝，旋为隋朝国公杨素携徒杨拓所灭。十余年后，陈辅已成为鬼谷门下，携弟子陈靖仇抚养成人，为求得上古十神器中的五件来布下“九五之阵”从而复兴陈室，登上伏魔山寻找其中的昆仑镜，结果陈辅被妖兽饕餮困于伏魔洞中，逃出生天的陈靖仇则前往雷夏泽向师伯公山铁求援。
路上经过月河村时，陈靖仇救下了被村民当成祭品献给河妖的白发少女于小雪，与于小雪二人结伴而行。然而当他们抵达雷夏泽时，却发现师伯因为被隋朝宇文太师所伤，旧伤未愈，自顾不暇，唯有北方拓跋部世代相传的神农鼎能够医治，陈靖仇和小雪只得先去寻找神农鼎。
抵达北方黑山镇，沿途经历了种种磨难，又与胡人少女拓跋玉儿相识，待找到神农鼎后才发现公山师伯因为伤势加重而去了。功亏一篑，唯一的机会就是寻求海外仙山的仙人相助。三人在海中遇到风浪，被巨鲸吞没，又与居住在巨鲸体内的氐人族相识。受氐人族所托，陈靖仇三人消灭了一直觊觎氐人族的黑龙王，但拓跋玉儿却因为受临死的黑龙王所骗，破坏了长保氐人族青春不老的封印，内疚之下，自毁容貌……

陈靖仇、小雪和拓跋玉儿到了仙山岛后，在仙人然翁与古月仙人的帮助下，终于治好了拓跋玉儿的刀伤。然而就在这时他们得知宇文拓闯入海底，抢走了崆峒印。为了破坏宇文拓的企图，一行人回到人界，开始了与宇文拓的正面抗争。虽然宇文拓的实力远远在他们之上，但陈靖仇由于得到独孤郡主之助，在与宇文拓的神器争夺战中屡屡占据上风。可是就在最关键的时候，小雪突然带着他们已得到的神器投靠了宇文拓，让陈靖仇和拓跋玉儿百思不得其解。同时，赤贯星也越来越逼近这个世界，仿佛预示着世界的末日即将来临……